Hvězdná brána – Hluboký vesmír

Plukovník Young se vrací z planety bez doktora Rushe, kterého tam nechal. Young se chystá celou situaci tlumočit svým představeným přes komunikační kameny. Wrayová si myslí, že Young nějaké informace o doktoru Rushovi schválně utajuje a hodlá nadřízeným reportovat svůj názor, jak se věci udály. Když se plukovník snaží spojit přes kameny na Zemi, dostává se na loď cizích mimozemských bytostí. Než se stačí vzpamatovat, mimozemské bytostí zaútočí a unesou s sebou jednoho člena posádky.

Chloe a doktor Rush se ocitají zpět v bezpečí na lodi Destiny. Oba jsou ale pronásledováni nočními můrami, které přičítají nedávným věznitelům, kteří je zkoumali. Rush tvrdí, že jediná věc, kterou mimozemšťani chtějí, je sama loď Destiny. Posléze zjišťují, že se na lodi nachází lokačními zařízení udávající jejich polohu do vesmíru. Současně se Rush a Wrayová obávají o soudnost plukovníka Younga a chtějí zařídit civilní dohled nad celou operací na palubě Destiny.

Plukovník Young se opět ocitá u velení celé operace na lodi Destiny. S jeho vojenským personálem musí najít tu správnou cestu, jak je naučit bezproblémově žít s civilní posádkou, která se chtěla ujmout moci. Když loď vystupuje z hyperprostoru, nacházejí se uprostřed slunečního systému, který není nikde zaznamenán. Rush se domnívá, že celá soustava byla uměle vytvořena mimozemskou rasou. Než se bude moct loď dát znovu na cestu, musí projít několika opravami. To dává čas týmu, který může prozkoumat nedalekou planetu. Tým je složen z vojáků i z civilistů. Když se někteří rozhodnou zůstat na planetě, musí plukovník Young vydat několik podmínek, aby je tam mohl nechat.

Dr. Rush sedí v křesle a prožívá dobu před smrtí svojí ženy Glorie. Snaží se rozluštit kód pro přístup k ovládání Destiny. Pobyt v křesle, ale nepříznivě působí na jeho zdraví. Scott, Greer, Eli a Chloe vyrazí na planetu, kde jsou trosky nějakého starého města. Jdou do podzemních tunelů hledat ztracené kino a strop u vchodu se zřítí. Jsou uvězněni a čas do odletu lodi se nebezpečně rychle zkracuje.

Skupina tvořená poručíkem Scottem, seržantem Greerem, Eliem a Chloe je uvězněná na planetě. Společně se pokusí dostat se skrz podzemní bludiště, kde na ně čeká plno překážek. Na palubě Destiny se všichni snažit zjistit, jak pomoci týmu uvězněném na planetě. Plán narušuje sama loď, která se chystá brzy vstoupit do hyperprostoru a opustit tak tuto galaxii navždy. Proto musí plukovník Young rychle jednat a vytvořit pátrací týmy, které budou prozkoumávat planetu po planetě ve snaze je najít a zachránit. Čas běží.

Destiny vstoupila do hyperprostoru a nyní cestuje mezigalaktickou prázdnotou. Posádka není schopna lokalizovat trio složené z poručíka Scotta, Elie a Chloe. Doktor Rush upozorňuje, že kalkulace založená na současném výkonu ukazují, že to do další galaxie nestihnou, a že s největší pravděpodobností umřou. Když v tom najednou vypovídají službu motory a ze Země je povolána specialistka Amanda Perryová, které by měla s problémem pomoci a současně se již dlouhá léta zná s doktorem Rushem. Výměnnou je na Zemi poslána Camile Wrayová, jež je upoutána na invalidní vozík.

Členové týmu, kteří se nedávno vrátili z jedné z planet, začnou postupně trpět halucinacemi. TJ je umístí do karantény a snaží se zjistit, co za halucinacemi stojí. Halucinace však začnou mít i lidé mimo karanténu...

Plukovník Young vyšetřuje možný scénář, že plukovník Telford je zrádce, který prozradil tajné informace nepříteli, jenž může zaútočit na základnu Icarus. Zrod celé myšlenky zajišťuje doktor Rush, který měl záblesk o Telfordovi díky komunikačním kamenům. Něco podobného se stalo již předtím, když poručík Scott si myslel, že Telford má aférku s Youngovou ženou. Na Zemi se vrací doktor Rush, který využívá těla plukovníka Telforda. A společně s ním se vrací i plukovník Young oznamující svůj report přímo generálu O'Neillovi. Současně se na palubě Destiny ocitá plukovník Telford a podezřívá, že něco není v pořádku.

Díky přiznání plukovníka Telforda se plukovník Young připravuje na očekávaný útok Luciánské aliance. Ze Země je vyslána loď Hammond s plukovníkem Carterovou, aby se pokusila zastavit vpád aliance. Tento útok zapříčiňuje brzký příchod na Destiny, kam se dostane většina úderného oddílu Luciánské aliance. Ten se nyní nachází na palubě Destiny, kde vězní několik rukojmí. Plukovník Young musí vymyslet plán, jak nepřítele neutralizovat za co nejmenších ztrát na životech rukojmích.

Bitva o loď mezi Luciánskou aliancí a silami plukovníka Younga nadále pokračuje. Vypadá to, že aliance má přece jen navrch. Camile Wrayová hodlá s nepřítelem jednat diplomaticky. Vůdkyně Luciánů Kiva však není příliš diplomaticky založená, ale přeci jen se dohodnou na kompromisu. Mezitím sama loď zažívá své vlastní problémy s motorem. Proto také vystoupila z hyperprostoru. Na neštěstí pro posádku se nyní nacházejí poblíž neutronové hvězdy, která může velmi brzy celou loď sežehnout.

Když Destiny vystupuje z hyperprostoru, je opět napadena mateřskou lodí. Eli navrhuje plán, kdy by narušili jejich komunikační systém, což by je mohlo vyřadit z boje a posádce dát potřebný čas na opravy Destiny, které zaberou několik hodin. Mezitím Chloe prchá ze spárů svých věznitelů a vysílá do vesmíru signál pro pomoc.

Destiny se v současné době nachází ve velice žalostném stavu díky předcházejícím bitvám s drony. Eli přichází s plánem, který vymysleli s Ginn. Když bude Destiny prolétat hvězdou, bude mít dostatek energie vytočit bránou Zemi. Nápadem je nadšen plukovník Telford, ale doktor Rush je až příliš pesimistický, protože existuje až příliš mnoho anomálií, které by daný plán zhatily. Rush má tedy proslov k posádce o jejich misi a doufá, že přesvědčí nějaké dobrovolníky, kteří by v této misi pokračovali.

Když se Camile Wrayová a seržant Greer vracejí na Zemi za pomocí komunikačních kamenů zjišťují, že část vysoce postavených členů vlády spolupracují s Luciánskou aliancí, která plánuje v nejbližší době útok na Zemi. Právě v té době jsou oba uvěznění ve státní budově, kde vybuchla bomba a vyskytuje se tam vysoký stupeň radiace. Mezitím se na palubu Destiny dostávají doktor Covel a senátor Michaels, kteří se snaží vládu více zainteresovat do operace Icarus.

Je to již šest dní, kdy posádka Destiny ztratila kontakt se Zemí a vůbec netuší, zda byl Washington zničen po útoku Luciánské aliance nebo nikoliv. Jejich jediná šance je komunikace pomocí mimozemských kamenů. Dokonce se u nich i střídají směny. Když je tam Chloe, tak naváže spojení. Ne však s nikým ze Země, ale s Ginn, která byla před nedávnem zabita členem Luciánské aliance Simeonem.

Lidé z velitelství Hvězdné brány v čele s Richardem Woolseym se pokouší přesvědčit spojence na planetě bohaté na naquadrii, aby svolili k pokusu otevřít červí díru na Destiny. Mají ale podezření, že je planeta infiltrována Aliancí. Mezitím řeší Dr. Rush dilema, spočívající v nemožnosti fyzického kontaktu s doktorkou Perryovou, jejíž vědomí je nahrané v systémech lodi.

Během průzkumu planety se tým ocitá pod útokem a desátník Reynolds a TJ jsou zajati mimozemským tvorem. Varr a zbytek lidí z Luciánské aliance nabídnou pomoc při stopování tohoto cizího tvora. Mezitím Eli a pan Brody už mají dost toho, jak o všem rozhoduje Rush, a tak se rozhodnou ho neuposlechnout. Přes jeho zákaz začnou prozkoumávat místnost se stázovými komorami, což se neobejde bez následků...

Destiny je opět pod palbou dronů. Nikdo netuší, jak je jejich mateřská loď mohla tak rychle lokalizovat. Po každém takovém útoku je loď slabší a slabší. Proto je vyslán jeden tým na planetu, kde by mohli najít potřebné vybavení. K překvapení všech potkávají lidskou rasu. Jejich zástupci tvrdí, že jsou potomky expedice, která byla díky červí díře poslána o 2000 let zpátky v čase na jinou planetu. Když je Destiny napadena, rozhodnou se je vzít s sebou na palubu.

Z Destiny je vyslán raketoplán se skupinou, která má za úkol zjistit, co se stalo na planetě Novus. Při hledání najdou prastarou knihovnu ve starodávných rozvalinách. Knihovna popisuje celou historii kolonistů od doby, kdy tam přišli. Ale pomalu zjišťují, že něco na jejich příběhu nesedí. S výzkumem si budou muset pospíšit, neboť planetu sužují zemětřesení, což jen zvyšuje její nestabilitu, která by mohla způsobit zničení celé planety.

Destiny potřebuje akutně doplnit palivové články. Ale při každém výstupu z hyperprostoru na ně čekají droni. Pořád není zcela jasné, jak zjišťují jejich polohu. Nicméně má posádka ještě jeden pokus, než dojde energie úplně. Eli navrhuje plán, který zahrnuje průlet modrým obrem. Plukovník Young souhlasí, ale nechá většinu posádky evakuovat na blízkou planetu. Vybraná skupina složená z doktora Rushe, Elie a Lisy Parkové se pokusí proletět hvězdou ve snaze doplnit energii a zbavit se nepřátel.

Eli a doktor Rush přichází na způsob, jak lokalizovat mateřskou loď dronů za pomocí dálkových senzorů Destiny. Jediný problém je v tom, že drony na ně čekají na každé možné zastávce, kterou na své cestě udělají. Zároveň si uvědomují, že s ní nemohou bojovat pokaždé, když vystoupí z hyperprostoru. Eli navrhuje možnost letět do vzdálené galaxie, přičemž by drtivá většina posádky byla uložena stázových komor, které se na Destiny nacházejí.